مقاله ترجمه شده کامپیوتر◄ پردازش موازی◄14 صفحه ترجمه ،2014 ، کیفیت عالی

A Parallel Algorithm for the Best k-mismatches Alignment Problem

 

 برای دانلود رایگان مقاله اصلی به زبان انگلیسی اینجا کلیک کنید

 

بیست و دومین کنفرانس بین المللی یورو میکرو درباره‍ی پردازش موازی، توزیعی و تحت شبکه در سال 2014

 

 

یک الگوریتم موازی برای بهترین مسئلهی میزان سازی نابرابریهای k

 

چکیده – ما الگوریتمی موازی را مورد پیشنهاد قرار می‌دهیم که بهترین مسئله‌ی میزان سازی نابرابری‌های k را با استفاده از الگوی “یک دنباله/فرآیندهای چندگانه” و حافظه‌ی گسترده در برابر یک ارجاع ژنومی حل می‌نماید. پیشنهاد ما با این هدف طراحی گردیده است که بتواند با استفاده از MPI (واسط گذردهی پیام) برای ارتباطات از یک خوشه‌ی پردازش بهره برد. راهکار ما این ارجاع را در میان گره‌های مختلف توزیع می‌نماید و هر دنباله به طور همزمان به وسیله‌ی گره‌هایی مختلف مورد پردازش قرار می‌گیرد. هنگامی که بهترین راهکار (فرضی) یافت شد، این فرآیند موفقیت آمیز اطلاعات را به دیگر گره‌ها انتشار می‌دهد و فضای جستجو را کاهش داده و در نتیجه باعث صرف جویی در زمان محاسبه می‌شود.

الگوریتم توزیعی در ++C ساخته شد و در جهت استفاده به وسیله‌ی ابر رایانه‌های PLX و FERMI ارتقاء داده شد، اما این الگوریتم با هر خوشه‌ی OpenMPI مبنا سازگار است. این الگوریتم در بسته‌ی Er) ERNE همتراز عددی تصادفی گسترش یافته) جای داده شده بود، که هدف آن فراهم آوردن مجموعه‌ای جامع و کامل از ابزارها در جهت همتراز سازی و پاک سازی نمودن خواندن‌های کوتاه است. ERNE یک نرم افزار رایگان است که با مجوز منبع آزاد (GPL V3) توزیع گردیده است و می‌توان آن را از وب سایت: http://erne.sourceforge.net دانلود نمود. الگوریتم توضیح داده شده در این کار در برنامه‌های ERNE-PMAP و ERNE-PBS5 مورد استفاده قرار می‌گیرند که برنامه‌ی اول برای همتراز ساختن دنباله‌های DNA وRNA طراحی شده است، در حالی که برنامه‌ی دوم برای دنباله‌های عمل شده با بی سولفیت ارتقاء داده شده است.

 

 

 

 نوع فایل: word       صفحات ترجمه:14        سال: 2014      

 


  جدیدترین فایل های لایه باز در پی اس دی نگار کارت ویزیت,بنر,طرح لایه باز, فایل های گرافیکی دانلود  دانلود جدیدترین فایل های دانلودی نگار سل  دانلود جدیدترین فایل های دانلودی نگار فارس

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *